본 발명에 따른 제어방법은 보조 애노드 전극을 병렬로 연결하고 외부저항을 이용하여 보조 애노드 전극으로부터 흘러나오는 보조전류를 제어함으로써 비교적 간단하면서도 효과적으로 다중전극 MFC의 전압 역전 현상 발생 및 재발을 방지할 수 있다. 또한, 본 발명의 방법은 직렬 연결된 MFC의 최적의 시스템 운전을 위한 저항의 범위를 개선할 수 있다. 본 발명의 방법은 외부 보조기기 없이 전압을 동일하게 상향시키는 방법이므로, 외부 보조기기를 이용하여 전압을 하향 제어하는 종래의 방법에 비해 직렬 연결된 MFC의 전압이 높을 것으로 기대된다. 따라서, 본 발명의 방법은 다중전극 MFC의 전압 증가에 의한 실용 가능한 전기의 생산을 통해 MFC 기술을 대규모 폐수처리 공정에 적용하는 데 도움이 될 것으로 기대된다.