본 발명은 해양음향 토모그래피 시스템에 있어서, 음향데이터 측정부와 환경데이터 측정부로 이루어지는 데이터 측정부(P.1), 상기 데이터 측정부(P.1)에 연결되어 측정된 음향데이터와 환경데이터 데이터를 데이터처리부(P.3)로 전송해주는 데이터 전송부(P.2), 상기 데이터 전송부(P.2)로부터 데이터를 전송받아 수직단층별 유속분포를 계산하는 제1 데이터 처리부(P.3), 상기 데이터 전송부(P.2)로부터 데이터를 전송받아 음속분포를 계산하는 제2 데이터처리부(P.4), 및 상기 제1 데이터 처리부(P.3) 및 제2 데이터처리부(P.4)의 결과와 해양수치모델을 이용하여 데이터 보정하여 결과를 출력하는 데이터 동화부(P.5)를 포함하는 것을 특징으로 하는 실시간 해양환경 관측을 위한 토모그래피 시스템을 제공함으로써 해양의 수온 및 유향유속 변화를 모니터링할 수 있어 양식업 및 어업 등과 같은 수산업에 이용할 수 있으며, 적조 및 쓰나미 등과 같은 자연 재해 예측 및 예방하는 역할을 할 수 있다.